Zu Beginn des Jahres 1946 waren einige Kollegen aus der Gesellschaft zu der damals neu gegründeten Vereinigung Secession übergegangen. Das Secessionsgebäude war zu dieser Zeit allerdings noch unbenutzbar und so hielten diese Kollegen ihre Sitzungen weiterhin im großzügigen Künstlerhaus ab; hier fanden auch die ersten Secessionsausstellungen statt. Der von den Proponenten der neuen Secession im Dezember 1945 verschickten Einladung zum Beitritt folgten aus dem Künstlerhaus:

Andersen Robin Christian
Dobrowsky Josef
Elsner Franz
Esterle Max
Fellerer Max
Haerdtl Oswald
Harlfinger Richard
Hauk Karl
Hoffmann Josef Franz
Huber Ernst
Humplik Josef
Kitt Ferdinand
Kolig Anton
Kubin Alfred
Laske Oskar
Pauser Sergius
Powolny Michael
Pregartbauer Lois
Roux Oswald
Schimkowitz Othmar
Schweiger Hans
Soulek Alfred
Stefferl Bartholomäus
Steinhart Anton
Stemolak Karl
Wieden Ludwig
Zülow Franz

Ähnlich, wie schon vor einem halben Jahrhundert,1 waren auch jetzt noch manche Kollegen in den folgenden Wochen hinzugekommen, andere kehrten wieder in das Künstlerhaus zurück. Die überwältigende Mehrheit der 1939 in der Secession befindlichen Künstler folgte dem Aufruf nicht und blieb auch weiterhin im Künstlerhaus, das sie inzwischen lieb gewonnen hatten; Eine Rolle spielte dabei sicher auch das subjektiv empfundene Image und die wirtschaftlichen Möglichkeiten des betreffenden Hauses. Manche der alten Kollegen wurden zum Beitritt in die neue Secession außerdem gar nicht eingeladen, was diese dann als tiefe persönliche Kränkung empfanden. Entscheidend waren wieder einmal Kontakte, Seil- und Freundschaften untereinander.

Bezeichnend für die Secessionisten war, dass die Neugründung auch wieder unter dem Terrordiktat einiger Proponenten im Geheimen geschah und die Künstlerhausleitung lange nicht über den Status bzw. mögliche Absichten der einzelnen Mitglieder informiert wurde. So musste das Künstlerhaussekretariat von sich aus im Jänner 1946 persönliche Anfragen an die Mitglieder richten. Nur die wenigsten Kollegen hatten es bis dahin für wert gefunden, den Leitenden Ausschuss von sich aus über ihre neue Mitgliedschaft zu informieren. Der Beitritt zur Secession war diesmal gleichbedeutend mit dem Austritt aus dem Künstlerhaus. Bis Ende Jänner 1946 wechselten 28 Künstler zur neuen Secession über. Eine, im Vergleich zu den 1939 in das Künstlerhaus gekommenen 122 Mitgliedern, verschwindende Minderheit. Die alte Secession blieb somit im Großen und Ganzen im Künstlerhaus. Die neugegründete Secession wurde eine ganz neue Vereinigung mit zum Großteil von auswärts gekommenen Mitgliedern; nur der Name und das Gebäude täuschten eine Kontinuität vor.